林麝(Moschus berezovskii)和马麝(M. chrysogaster)是全球濒危物种,为减少野外麝科动物被捕杀,可持续利用天然麝香资源,进而促进野生麝有效保护和种群恢复,1958年开始我国相继开展了林麝、马麝等麝科动物的人工饲养和繁殖研究。随着养殖技术日益成熟,养殖数量逐年上升,发现高发病率和死亡率的肠道疾病是限制麝科动物人工养殖规模扩大的重要因素。肠道微生物与宿主微环境构建的复杂多变且功能强大的微生态系统在食物降解、营养吸收、免疫调节、病原体防御等多个方面发挥不可替代的作用,其组成和功能也受到遗传背景、食物、季节、年龄等多种因素共同影响。然而,肠道微生物对麝科动物的影响并不清楚。